במעבדה לגנומיקה יישומית של פרופ' יחזקאל קשי נחקרת השונות ברצפי הדנ"א של מיקרואורגניזמים שונים המשפיעים על בריאות האדם תוך שילוב שיטות של גנטיקה מולקולרית ריצוף גנומי מתקדם, ביואינפורמטיקה ומיקרוביולוגיה קלאסית בתרבית ובחיות מודל.
אנו מתרכזים בשלושה תחומי מחקר:
מיקרוביאולוגיה סביביתית: בשיטות גנומיות מתקדמות אנו מייצרים מעין "תעודת זהות" או "ברקוד" גנומי לכל חיידק לשם זיהוי וסיווג מדויק של חיידקים מחוללי מחלות (פתוגניים) במזון, במים ובסביבה, לדוגמא חיידקי הכולרה ונציגים נוספים ממשפחת הויבריו. בעזרת המידע הגנומי אנו חוקרים את התהליך האבולוציוני בהתפתחות חיידקים אלימים.
חקר המיקרוביום: בידוד וזיהוי חיידקים פרוביוטיים ("מעודדי חיים") שהם נחשבים חיידקים החשובים לפעילות תקינה של מעי האדם ובין השאר נמצאים בקשר ומעודדים את מערכת החיסון. במעבדה נחקרת השונות באוכלוסיית חיידקיי המעיים בפרטים שונים ויחסי הגומלין בין המאכסן לחיידקי המעי, תוך בחינת הקשר בין מגוון זנים פרוביוטיים לבין גנטיקת המאכסן, במטרה לפתח רפואה המותאמת אישית לכל אדם.
גנטיקה בשמרים: חקר אוכלוסיות של שמרי האופה אותן אנו מבודדים מסביבות שונות.
