ראשיתה של הפקולטה להנדסת ביוטכנולוגיה ומזון בשנת 1953, עם מינוייה של ועדה שבחנה את הצורך בייסודה של מחלקה לטכנולוגיה של מזון. הוועדה, בראשה עמד ד"ר יוסף ברוורמן, שהיה אז הנספח המדעי בשגרירות ישראל בלונדון, המליצה על הקמת "מדור" עצמאי, וכך, בשנת 1954 הוקם המדור תחת השם הכמעט נבואי "הנדסת מזון וביוטכנולוגיה".
בעשור הראשון לקיומו פעל המדור באוטונומיה תקציבית, מנהלית ואקדמית עד שבשנת 1967, בברכת הנהלת הטכניון, הוקמה המחלקה להנדסת מזון וביוטכנולוגיה.
המחלקה תרמה רבות להתפתחותן של תעשיות המזון הישראליות- הן בשיתופי פעולה ומחקר והן בהכשרת מהנדסי מזון אשר איישו, ועודם מאיישים, עמדות מפתח בתעשיית המזון והביוטכנולוגיה, תעשיית התרופות, תעשיית הקוסמטיקה, מכוני התקינה ועוד.
בסוף שנות השמונים, לאור ההתפתחות המואצת בתחום הביוטכנולוגיה המולקולרית, קיבלה הפקולטה החלטה אסטרטגית להגביר את הפעילות בתחום במספר חזיתות: בגיוס חברי סגל חדשים, בהקמת תשתיות, בעידוד המחקר ובתוכניות הלימודים. אסטרטגיה זו הובילה לייסוד המסלול הראשון בארץ להנדסת ביוטכנולוגיה ולחנוכת המעבדות לביוטכנולוגיה ע"ש אוטו-מאירהוף באגף ע"ש שירלי וארתור ויזין בשנת 1992- השנה בה הפכה המחלקה לפקולטה. בכדי לשקף את התהפוכות שחלו בה בתחום הביוטכנולוגיה, הוחלט בשנת 2004 על שינוי שמה של הפקולטה מ"הפקולטה להנדסת מזון וביוטכנולוגיה" ל"הפקולטה להנדסת ביוטכנולוגיה ומזון".
עם התפתחותה של התעשייה הביוטכנולוגית בארץ ובעולם, גבר הביקוש ללימודי הנדסת ביוטכנולוגיה ומזון (ועמו חלה עליה משמעותית בדרישות הקבלה לפקולטה), ובתוך כעשר שנים הוכפל מספר הסטודנטים בפקולטה, שעומד כיום על כ- 500 סטודנטים וסטודנטיות בלימודי הסמכה לתואר ראשון, לימודי מוסמכים לתואר שני (מגיסטר) ולתואר שלישי (דוקטור) ובמסלול המיוחד לתואר שני (מגיסטר) ללא תזה.
הפקולטה להנדסת ביוטכנולוגיה ומזון הינה בין הבודדות בעולם המשלבת את תחומי הביוטכנולוגיה והמזון תחת קורת גג אחת והיא מציעה תואר משולב (הנדסת ביוטכנולוגיה ומזון) עם התמחות באחד משני האפיקים, כך שבוגרי הפקולטה יכולים להשתלב הן בתעשייה הביוטכנולוגית (הצעירה יחסית) והן בתעשיית המזון.
בפקולטה להנדסת ביוטכנולוגיה ומזון מתנהלת פעילות רבגונית, שמשלבת מיזוג ייחודי בין מחקר הנדסי- טכנולוגי לבין שטחים במדעי החיים והננו-טכנולוגיה.
בין מגוון המחקרים המרתקים המתבצעים בפקולטה להנדסת ביוטכנולוגיה ומזון ניתן למצוא:
- פיתוח שיטות ביוטכנולוגיות לייצור תרופות ותוספי מזון
- מערכת שחרור מבוקר כנגד סרטן ותרפיה תאית
- פיתוח חיישנים אופטיים לזיהוי חיידקים פתוגניים (מזיקים) במזון ובמים
- גידול כלי דם ורקמות לב לטיפול בחסימות עורקים או לאחר אירוע לבבי
- פיתוח מערכות להעשרת המזון בחומרים חיוניים, ללא פגיעה בטעם ובמראה
- פיתוח שיטות ביוטכנולוגיות לניצול יעיל של צלולוז כמקור לאנרגיה מתחדשת
- פיתוח תחליפי אנטיביוטיקה על בסיס פפטידים
- פיתוח שיטות חיטוי חדשות ו"ירוקות" לשיפור הבטיחות בצריכת המזון
- חקר של עמידות חיידקים לטיפולים אנטימיקרוביאליים (אנטיביוטיקה, חומרי חיטוי וחומרי שימור)
כאשר חלק נכבד מהטכנולוגיות שפותחו במסגרת המחקרים המתקיימים בפקולטה, משולבים כיום בתעשייה הישראלית והעולמית.
בשנים האחרונות עם יציאתו לגמלאות של הדור הוותיק בפקולטה, נקלטו חברי סגל צעירים וכיום סגל הפקולטה מונה 14 חברי סגל אקדמי בכיר, מרצים נספחים, מומחים מהתעשייה וסגל זוטר המורכב ממשתלמים לתארים גבוהים. בפקולטה מתנהלות קבוצות מחקר פעילות ותקציב המחקר של הפקולטה, שרובו במימון קרנות מחקר תחרותיות, הכפיל את עצמו בשנים האחרונות, עובדה שמעידה על איכות המחקר בפקולטה.
הצמיחה המואצת בתחומי המחקר וההוראה בפקולטה עודדו את הנהלת הטכניון לפעול גם להרחבתה הפיסית של הפקולטה, ובסיועה של אגודת דורשי הטכניון בארה"ב (סניף החוף המזרחי הכולל את פילדלפיה, וושינגטון ובולטימור) גויס סכום משמעותי, וכיום הפקולטה שוכנת במבנה חדש המכיל שלושה אגפים:
אגף ההוראה, הכולל אודיטוריום חדיש, כיתות לימוד גדולות, חוות מחשבים מרווחת וכן משרדי הפקולטה.
האגף המרכזי הכולל מעבדות הוראה חדישות (בין היתר הוקמה מעבדת ריאקטורים ביולוגים היחידה בארץ, המשמשים ככלי העבודה העיקרי לגידול מסות גדולות של חיידקים ותאים מהונדסים. המעבדה כוללת ציוד אנליטי וציוד הפרדה מהמשוכללים בעולם וזאת במטרה להכשיר סטודנטים באופן בלתי אמצעי לתחום זה) והאגף הצפוני, שכולל מעבדות מחקר שיאפשרו את התרחבות הפקולטה לשנים הקרובות.
כמו כן, בפקולטה קיים המתקן החצי חרושתי ( "Pilot Plant") המשמש להוראת הנדסה וטכנולוגיה של מזון ומשרת את התעשיות השונות. באגף זה מצוי מכשור בהיקף חצי חרושתי שנועד לתת לסטודנטים את האפשרות להתנסות בתהליכים שונים הרווחים בתעשיות המזון והביוטכנולוגיה.
למיקום הפקולטה ראה במפה