הפקולטה להנדסת ביוטכנולוגיה ומזון בטכניון הינה מהמובילות בארץ בתחומה- חלק נכבד מהטכנולוגיות שפותחו במסגרת המחקרים המתקיימים בפקולטה, משולבים כיום בתעשייה הישראלית והעולמית.
תחומי המחקר בהם עוסקים החוקרים בפקולטה הינם מגוונים, רב תחומיים ובחזית המדע העולמית, ביניהם:
- ביוטכנולוגיה וננו-ביוטכנולוגיה
- אנרגיה חלופית מבוססת ביוטכנולוגיה
- הנדסת רקמות וביוחומרים
- פיתוח טכנולוגיות וחומרים להובלת תרופות, נוטריינטים וחומרים פעילים
- ביואינפורמטיקה
- ביולוגיה סינטטית והתארגנות תאית
- חקר המוח ומערכת העצבים
- פיתוח סנסורים וביוסנסורים לדיאגנוסטיקה רפואית וסביבתית
- חומרים "חכמים" ליישומים ברפואה ובמזון
- הנדסת חלבונים ואנזימים
- ביוכימיה ותזונה מולקולרית
- פיתוח מקורות חלבון אלטרנטיביים (תחליפים למוצרים מהחי כגון בשר מתורבת) וחקר השפעתם על בריאות האדם
- פיתוח וחקר מזונות מקדמי בריאות
- מיקרוביולוגיה וביולוגיה מולקולרית
- המיקרוביום האנושי ותפקידו בבריאות האדם
- הנדסה וטכנולוגיה של מזון
- כימיה של מזון וחומרים פעילים
- יישומי ננו מדעים במזון
