הפקולטה להנדסת ביוטכנולוגיה ומזון בטכניון הינה מהמובילות בארץ בתחומה- חלק נכבד מהטכנולוגיות שפותחו במסגרת המחקרים המתקיימים בפקולטה, משולבים כיום בתעשייה הישראלית והעולמית.
תחומי המחקר בהם עוסקים החוקרים בפקולטה הינם מגוונים, רב תחומיים ובחזית המדע העולמית, ביניהם:
- מערכת שחרור מבוקר כנגד סרטן ותרפיה תאית
- ביולוגיה מולקולארית של פתוגנים
- מיקרוביולוגיה מולקולארית והנדסת חלבונים
- ביוטכנולוגיה של תאים אנימליים
- גנומיקה יישומית
- ביולוגיה סינתטית ופענוח צפנים גנומיים
- ביופולימרים וננו-ביוטכנולוגיה
- חקר ננו-מבנה והתארגנות עצמית של חומרים רכים
- ננו חומרים פונקציונליים וחיישנים ביולוגים
- ביוקטליזה שימושית
- חקר פפטידים אנטי מיקרוביאלים
- מזון פונקציונאלי, נוטרסאוטיקלים וננו מדעים במזון
- תזונה מולקולארית
