member-academic-staff-he

רועי עמית

רועי עמית - Roee Amit
פרופסור חבר
טלפון:
077-8871895
טל. מעבדה: 077-8871894
משרד: 3-328
אתר מעבדה: http://roee-amit.technion.ac.il

המעבדה לביולוגיה סינתטית לפענוח צפנים גנומיים

המחקר שלנו משלב ביולוגיה סינתטית עם טכניקות הדמיה מתקדמות במטרה לפענח מידע המוצפן ברמה המולקולרית בביולוגיה.  שני תחומי המחקר המרכזיים הם:

רשתות בקרה ביולוגיות המורכבות מ enhancers -סינטטיים - פענוח הקוד הרגולטורי או צופן הבקרה הוא אחד מהאתגרים הגדולים של זמננו. אנחנו ניגשים לבעיה הזו מכוון מערכתי ולכן מטרתנו המוצהרת היא “פריצת“  הצופן הבקרתי באמצעות כתיבת תוכנת בקרה סינטטית והחדרתה לתא. אנו עושים זאת באמצעות תכנון מושכל של רצפי DNA לא מוצפנים גנטית )gnidoc-non  (DNAהמורכבים מאוסף של רכיבים בקרתיים מוכרים שלא קשורים אחד לשני בקונטקסט טבעי.  מערכת הניסוי בוחנת האם "התוכנית" שלנו מייצרת את התגובה הרצויה בתוך התא. נכון להיום, עבודת התכנות מתבצעת במערכות חיידקיות, כאשר בעתיד הקרוב אנו מתכוונים להרחיב את התחום לעוברים .מטרתנו לטווח הארוך היא פיתוח יכולות תכנות שיאפשרו יישום באפליקציות רפואיות.

הדמיה בזמן אמת של - RNA אנו ניגשים לפתרון הבעיה הזו ע"י שיתוף פעולה סינרגטי בין הביולוגיה הסינתטית ושיטות הדמיה מתקדמות. מטרתנו היא לפתח ננו–גלאי פלורסנטי המוצפן גנומית, שגילויו יתבצע באמצעות מערכת הדמיה ייעודית שתפותח במקביל. ה"תוכנה“ ליצירת הגלאי תוצפן ברצף AND אשר יכיל בתוכו הוראות ליצירת קומפלקס-RNA חלבון עם יכולות פליטה פלואורסנטית במגוון של אורכי גל.  מערכת ההדמיה תכוון לגילוי של אינטראקציות ברמת המולקולה הבודדת של RNA עם הגלאי וכתוצאה מכך תאפשר מעקב תוך-תאי כמותי ודינמי של  RNA.

שימוש בהליך של ביולוגיה סינטטית לפענוח צפנים גנומיים והדמיה בזמן אמת של RNA.